Struktur Organisasi FKG UMSurabaya dipimpin oleh Dekan bersama Wakil Dekan, didukung oleh Senat Fakultas, Gugus Penjaminan Mutu, Program Studi S1 Pendidikan Dokter Gigi, Program Studi Profesi Dokter Gigi, serta unit-unit penunjang laboratorium dan klinik.